Conform criteriilor stabilite de SAGES, una dintre autoritățile internaționale în domeniul chirurgiei laparoscopice, nu există o contraindicație absolută pentru chirurgia bariatrică. Contraindicațiile relative, adică cazurile inoperabile sunt insuficiența cardiacă severă, boala coronariană instabilă, boala pulmonară în stadiu terminal, diagnosticul de cancer activ, ciroza însoțită de hipertensiune portală, dependența necontrolată de droguri sau alcool și capacitatea cognitivă sever deteriorată. Boala Crohn poate fi o contraindicație relativă pentru operațiile chirurgicale care implică bypass. Conform recomandărilor companiilor, este și o contraindicație pentru banda gastrică.
Pe langa acestea, interventia chirurgicala laparoscopica poate fi foarte dificila sau imposibila atunci cand este efectuata la pacientii cu hernie abdominala gigantica, pacientii cu aderenta intraabdominala severa, pacientii cu ficat foarte mare si gras, si in cazurile in care umflarea abdomenului cu gaze nu poate fi tolerata. Prin urmare, chirurgii laparoscopici ar trebui să aibă experiența de a efectua aceeași operație ca și o intervenție chirurgicală deschisă. Se datorează faptului că în fiecare intervenție chirurgicală laparoscopică, există riscul (chiar dacă este un risc minor) de a reveni la operația deschisă. Aceasta nu este o complicație, ci o decizie chirurgicală obligatorie luată pentru siguranța pacientului. Cu toate acestea, este cu siguranță nepotrivit să se efectueze o intervenție chirurgicală bariatrică deschisă ca primă opțiune. Un chirurg care nu poate efectua chirurgie bariatrică laparoscopică nu poate fi chirurg bariatric.
Este o strategie bună de a opera pacientul după ce i-ai permis să slăbească într-o anumită măsură cu metode nechirurgicale, cum ar fi plasarea unui balon intragastric și suporturi alimentare la pacienții obezi super morbi, pentru care intervenția chirurgicală prezintă un risc ridicat sau pacienți cu comorbidități severe. Chestiunea limitei de vârstă pentru operațiile chirurgicale și-a pierdut din importanță, ca urmare a dezvoltării tehnicilor de anestezie. Desigur, implică așteptarea unei rate mai scăzute de pierdere în greutate, a unei rate mai scăzute de regresie a comorbidităților, a duratei mai lungi de spitalizare, a riscurilor de mortalitate și morbiditate mai mari; dar dupa o buna pregatire, pacientul in varsta de 60 de ani si peste poate fi tratat si cu chirurgie bariatrica.
La conferința de consens național din SUA desfășurată în 1991, chirurgia bariatrică nu a fost sfătuită să fie efectuată la copiii și adolescenții obezi, din cauza datelor inadecvate. Cu toate acestea, conform profesioniștilor precum North Raleigh Pediatrics , chirurgia bariatrică pediatrică trezește mai mult interes cu fiecare zi care trece. În studiile de urmărire de 10 ani pe copii obezi cu vârsta sub 18 ani, operația de bypass a demonstrat că oferă o scădere perfectă în greutate și este bine tolerată. Potrivit specialiștilor care consideră că limita de vârstă ar trebui să fie sub 18 ani, greutatea normală ar trebui restabilită la o vârstă fragedă, pentru a preveni distrugerea fizică și emoțională ce poate fi cauzată de obezitate. Sunt efectuate multe studii bine concepute pentru a identifica bine poziția chirurgiei bariatrice la adolescenți.