Según los criterios determinados por SAGES, una de las autoridades internacionales en el campo de la cirugía laparoscópica, no existe una contraindicación absoluta para la cirugía bariátrica. Contraindicaciones relativas, es decir, casos inoperables son insuficiencia cardíaca grave, enfermedad coronaria no estable, enfermedad pulmonar en etapa terminal, diagnóstico de cáncer activo, cirrosis acompañada de hipertensión portal, adicción no controlada a drogas o alcohol y capacidad cognitiva severamente deteriorada. La enfermedad de Crohn puede ser una contraindicación relativa para operaciones quirúrgicas que involucran derivación. Según las recomendaciones de las empresas, también es una contraindicación para la banda gástrica.
Además de esto, la cirugía laparoscópica puede ser muy difícil o imposible cuando se realiza en pacientes con hernia abdominal gigante, pacientes con adherencias intraabdominales severas, pacientes con hígado muy grande y graso, y en casos donde no se puede tolerar la inflación del abdomen con gas. Por lo tanto, los cirujanos laparoscópicos también deben tener la experiencia para realizar la misma operación que una cirugía abierta. Esto se debe a que en cada cirugía laparoscópica, existe el riesgo (incluso si es un riesgo menor) de volver a la cirugía abierta. Esto no es una complicación, sino una decisión quirúrgica obligatoria tomada para la seguridad del paciente. Sin embargo, definitivamente es inapropiado realizar una cirugía bariátrica abierta como primera opción. Un cirujano que no puede realizar cirugía bariátrica laparoscópica no puede ser un cirujano bariátrico.
Es una buena estrategia operar al paciente después de permitirle perder peso hasta cierto punto con métodos no quirúrgicos, como colocar un balón intragástrico y soportes dietéticos en pacientes obesos súper mórbidos, para quienes la cirugía representa un alto riesgo, o pacientes con comorbilidades severas. La cuestión del límite de edad para las operaciones quirúrgicas ha perdido importancia, como resultado del desarrollo de técnicas de anestesia. Por supuesto, implica la expectativa de una menor tasa de pérdida de peso, menor tasa de regresión de comorbilidades, mayor duración de la hospitalización, mayores riesgos de mortalidad y morbilidad; pero después de una buena preparación, el paciente de 60 años o más puede ser tratado con cirugía bariátrica también.
En la conferencia del Consenso Nacional de EE. UU. Celebrada en 1991, no se aconsejó la cirugía bariátrica en niños y adolescentes obesos, debido a datos inadecuados. Sin embargo, la cirugía bariátrica pediátrica despierta más interés con cada día que pasa. En estudios de seguimiento de 10 años en niños obesos menores de 18 años, la cirugía de bypass ha demostrado que proporciona una pérdida de peso perfecta y es bien tolerada. Según los especialistas que creen que el límite de edad debe ser inferior a 18 años, el peso normal debe restablecerse a una edad temprana, para evitar la destrucción física y emocional que puede ser causada por la obesidad. Se están realizando muchos estudios bien diseñados para identificar bien la posición de la cirugía bariátrica en adolescentes.